日本水果那么贵的原因有地理条件因素、官方的政策支持和研发新技术、日本农协的因素、艺术般的精美包装因素、品相好又甜美的因素等。
一、地理条件因素。日本国土面积小，寸土寸金。可利用的土地少了，就意味著产量少，物以稀为贵。而且日本的总体气候并没有很利于种植业的发展，日本的水果大多数是采用温室种植，生长的成本高了，水果的贩卖价格也会随之上升。
二、官方的政策支持和研发新技术。日本政府支持农业的发展且还投入大量资金用于生物技术的研发与普及。在日本这个不算大的国家，却拥有600多个农业试用场，再加上结合当地的农业种植特色，研发最适合当地种植的新品种或改良版水果，研究出来的新果子更甜更靓。譬如说北海道的黑皮西瓜，曾以约47000港币高价拍卖售出。
三、日本农协的因素。日本农协的全称为：日本农业协同组合，是亚洲地区最成功的农业合作社之一。日本从事农业的家庭人口占总人口的7成左右，人数不算多，但他们有著高度的组织性。如果农民遇到不公平待遇，农协会联合起来一起发声，农协的影响力也非常大，政府不敢忽略农民的意见，保障他们的利益最大化。所以即使日本水果在市面上的价格很昂贵，官方也不会过多干涉。
四、艺术般的精美包装因素。日本水果的量卖单位一般为一个或一盒的，比较少论斤称。这是因为日本水果单个价格就已颇高，而且日本水果走的是奢侈精品路线，每一个或一盒果子都经过果农的精心包装，单看起来就会令人有一种昂贵感。而且日本有些水果店的装修十分有风格，还会与甜点结合，制作出以水果为主打的美味甜品，吸引了更多人的关注。当吃水果变成一种享受，价格高一点也变得更容易接受。
五、品相好又甜美的因素。如果你尝试过日本优质的水果，很有可能在以后吃其他水果会觉得平庸和毫无新意。优质的水果贵，还是有它自身的道理的。推荐一些味道正的日本水果大家尝试一下：静冈网纹瓜、巨峰提子、日本水蜜桃、温室柑、日本士多啤梨、青森县苹果等等。
日本土地面积小水果的总产量低，为了保护本国农民的利益限制进口水果的总量。